Tên gọi Kim Môn (金門; nghĩa đen là "cổng vàng") xuất hiện lần đầu tiên vào năm 1387 khi Hồng Vũ Đế của triều Minh bổ nhiệm một quan võ đến quản lý hòn đảo và bảo vệ nó trước các cuộc tấn công của giặc Uy khấu.[1] Tên gọi này được đọc là Jīnmén trong bính âm Quan thoại chính thức và Kim-mûi trong phương ngữ Chương Châu bản địa của tiếng Phúc Kiến.

Quemoy cũng là tên gọi của quần đảo trong các ngôn ngữ phương Tây.[2] Nó có lẽ bắt nguồn từ một dịch âm tiếng Bồ Đào Nha của cách phát âm tên gọi Kim Môn trong phương ngữ Chương Châu, Kim-mûi.[3] Trong tiếng Anh, người ta sử dụng gần như hoàn toàn hình thái tên gọi này của quần đảo cho đến cuối thế kỷ 20 và đến nay nó vẫn được sử dụng rộng rãi trong các văn bản tiếng Anh có liên quan đến sự kiện lịch sử.[3]

Kinmen là một từ gần đây hơn, dựa trên phương pháp bính âm bưu chính của Trung Hoa Dân Quốc, trong đó "k" được sử dụng thay cho ch hoặc j ở các âm đầu trong Chin-men (Wade–Giles) hay Jīnmén (bính âm). Với một số ngoại lệ, hình thái này được sử dụng trong tiếng Anh ở hầu hết các ngữ cảnh tại Kim Môn và trên toàn bộ Đài Loan. Các thể chế như chính quyền huyện,[4] sân bay của quần đảo,[5] và vườn quốc gia[6] sử dụng hình thái phiên âm này.

Jinmen là từ dựa trên phương pháp bính âm Hán ngữ, nó đặc biệt được sử dụng trong các nguồn từ Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa.[7] Chính quyền huyện Kim Môn và chính phủ Trung ương Trung Hoa Dân Quốc đã chấp nhận bính âm Hán ngữ là phương pháp phiên âm latinh tiêu chuẩn của họ, và sử dụng để viết tên gọi các hương trong huyện Kim Môn, song lại không áp dụng cho bản thân tên gọi của huyện.[8]